Najstarsza wzmianka o parafii Zebrzydowice pochodzi z roku 1325. Należały do niej miejscowości: Zebrzydowice, Brody, Bugaj, Kalwaria, Czerna, Bieńkowice i połowa Stanisławia. Nazwa wioski ustaliła się najprawdopodobniej w XVI w. od możnego i znanego wówczas w Polsce rodu Zebrzydowskich, który miał tutaj swój dwór obronny i rodzinne gniazdo.
Pierwszy drewniany kościół w Zebrzydowicach był pod wezwaniem św. Marcina.Na jego miejscu w latach 1599 – 1602 Mikołaj Zebrzydowski, marszałek wielki koronny i wojewoda krakowski, wybudował nowy z cegły i kamienia. Plan opracował Jan Maria Bernardoni z Como. Patronem kościoła został św. Michał Archanioł, który patronował także stowarzyszeniu wojskowemu, do którego należał
i czynnie wspierał Mikołaj Zebrzydowski. Wielki ołtarz wykonany został podobnie jak i cały kościół w stylu renesansowym. Znajdują się w nim dwa obrazy Zwiastowania N.M.P. i św. Michała Archanioła. Na szczycie ołtarza została umieszczona rzeźba Matki Bożej stojącej na lwie, która znajdowała się
w poprzednim kościele i pochodzi z XIV w.
W kościele znajdują się cztery ołtarze boczne. Od strony południowej ołtarz Matki Bożej Różańcowej ze starym obrazem odmalowanym w 1910 r. Drugi to ołtarz, który był poświęcony św. Józefowi, a obecnie znajduje się w nim obraz Jezusa Miłosiernego autorstwa Adama Hyły, tego samego który namalował słynny obraz
w Sanktuarium Bożego Miłosierdzia w Krakowie – Łagiewnikach. Od strony północnej mamy ołtarz Jezusa na krzyżu w otoczeniu świętych oraz ołtarz z obrazem Najświętszego Serca Pana Jezusa wykonany w 1911 r.
Obecny wygląd kościoła z zewnątrz oraz wewnątrz to wynik renowacji ścian, szafy organów i ołtarzy przeprowadzonej w latach 2006-2010. Przy kościele jest umieszczony krzyż Misyjny poświęcony na zakończenie Misji Świętych w roku 2021. Na terenie parafii Zebrzydowice w miejscu dworu obronnego Mikołaja Zebrzydowskiego, 24 marca 1611 r. powstał Konwent Braci Bonifratrów pod wezwaniem św. Floriana, zaproszonych do opieki nad szpitalem dla rannych żołnierzy. Obecność ich trwa nieprzerwanie do dzisiaj, prowadzą Dom Pomocy Społecznej i Warsztat Terapii Zajęciowej.
W 1909 roku zamieszkały w Zebrzydowicach Siostry Miłosierdzia nazywane Szarytkami, wybudowały dom z kaplicą, która funkcjonuje do dzisiaj. Siostry założyły przedszkole, które zostało im zabrane przez komunistyczne władze w 1963r.
Podrugiej stronie potoku Cedron naprzeciw kościoła znajduje się Dom Parafialny wybudowany po roku 1930, a do 2020 roku znajdował się tam Ośrodek Rehabilitacyjny Caritas wraz z kaplicą.
Na północ od kościoła znajduje się stary cmentarz parafialny z kamienną kaplicą.
Parafia Zebrzydowice dwukrotnie gościła Kardynała Karola Wojtyłę. Pierwszy raz, 2 listopada 1968 roku, podczas nawiedzenia Matki Bożej w jej częstochowskim wizerunku. Obraz wtedy był zaaresztowany przez władze komunistyczne, a przybyła tylko pusta rama i świeca. Po raz drugi Kardynał Karol Wojtyła odwiedził naszą parafię 26 stycznia 1978 r. uczestnicząc w opłatku z kapłanami wyświęconymi w 1976 roku.
W dniach od 2 do 4 września 2016 roku nawiedziła naszą parafię figura Św. Michała Archanioła z Groty Gargano.
W 1907 r.została ukończona budowa plebanii. Prace w celu adaptacji jej do pełnienia funkcji Domu Parafialnego rozpoczęły się
w 2017 roku. Sala teatralna została ukończona w 2021 roku. Obecnie trwa remont pozostałych pomieszczeń.